CSC

 
 
Tehdyt toimenpiteet

Bioinformatiikan sanasto

Yleisesittely | Sanasto pdf-dokumenttina

Tämän teoksen tekijänoikeudet kuuluvat CSC - Tieteellinen laskenta Oy:lle. Teoksen tai osia siitä voi kopioida ja tulostaa vapaasti henkilökohtaiseen käyttöön sekä Suomen yliopistojen ja korkeakoulujen käyttöön edellyttäen, että kopioon tai tulosteeseen liitetään tämä ilmoitus teoksen tekijänoikeuksista. Teosta ei saa myydä tai sisällyttää osaksi muita teoksia ilman CSC:n lupaa.

Kaikki termit aakkosjärjestyksessä

suomi-englanti | Nukleotidit ja nukleiinihapot | Proteiinit ja aminohapot | Algoritmit, ohjelmat ja tietokannat |

A | B | C | D | E | F | G | H | I | J | K | L | M | N | O | P | Q | R | S | T | U | V | W | X | Y | Z | Å

Numerot ja symbolit



(-)-strand
(-)-juoste (DNA:ssa), ((-)-nauha, (-)-säie), templaattijuoste
Syntyvä juoste on templaatille komplementaarinen.


(+)-strand
(+)-juoste (DNA:ssa) ((+)-nauha, (+)-säie)
Koodaava juoste, jonka kaltainen syntyvä juoste tulee olemaan. Vastinjuoste, joka ei ole templaattijuoste. (+)-juosteella ja lähettiRNA:lla on sama sekvenssi (poikkeuksena T:n korvaus U:lla).


3'-end
3'-pää nukleiinihappojuosteessa
Merkintä 3' viittaa sokeriyhmän hiiliatomien numerointiin. Katso kuvaa


3'-splice site
3'-silmukointikohta


5'-end
5'-pää nukleiinihappojuosteessa
Merkintä 5' viittaa sokeriryhmän hiiliatomien numerointiin. Katso kuvaa


5'-splice site
5'-silmukointikohta

A



Ab initio
lat. Alusta, perusteista
Laskennassa ab initio menetelmillä pyritään löytämään ratkaisu annetun teorian perusteella, ilman kokeellisen aineiston ohjausta. Esimerkiksi proteiinin 3-ulotteisen rakenteen ennustaminen puhtaasti teoreettisen mallin avulla.


acceptor
akseptori, vastaanottaja
Atomi, molekyyli tai solu, joka vastaanottaa luovuttajalta esimerkiksi elektronin, molekyylin tai molekyyliryhmän


acceptor-(3')-splice site
akseptori-3'-silmukointikohta


A-DNA
A-DNA
B-DNA:sta dehydraation kautta syntynyt rakennemuoto, jossa on 11 emäsparia/kierre. Katso B-DNA ja Z-DNA.


alignment
rinnastus (kohdistus, linjaus)
Sekvenssien vastinmerkkien tai vastinkohtien sijoittaminen kohdakkain.


allele
alleeli, vastingeeni
Geenin vaihtoehtoiset muodot, jotka sijaitsevat samassa kohdassa kromosomissa. Alleeleja voi samalla diploidilla normaalikaryotyyppisellä yksilöllä olla kerrallaan vain kaksi, joko kaksi samanlaista (homotsygootti) tai kaksi erilaista (heterotsygootti).


alpha-carbon
alfa-hiili
Katso selitystä aminohappojen osien nimeämisestä. Katso kuvaa


alpha-helix
alfa-kierre
Proteiinin sekundäärirakenne, jossa proteiinipääketju muodostaa kierteen. Kierrettä pitävät koossa ensimmäisen (n) peptidisidoksen karbonyyliryhmän ( C=O ) ja neljännen (n+4) peptidisidoksen amidiryhmän ( H-N ) väliset vetysidokset.


alternative splicing
vaihtoehtoinen silmukointi, pujonta
Proteiinituotannon säätely lähettiRNA:n prosessoinnilla. Eksonien koodaamien lähettiRNA-sekvenssien liittäminen toisiinsa vaihtoehtoisista kohdista saa aikaan erilaisten proteiinien tuotannon, tai lähettiRNA:n, jota ei transloida.


Alu sequence
Alu-sekvenssi, yleinen toistojakso
Useissa ihmisen introneissa toistuva sekvenssi, joka tunnistetaan AluI-restriktiokohtien avulla. Homologiselle rekombinaatiolle alttiita kohtia.


AMBER
Biologisille makromolekyyleille kehitetty mallitusohjelmisto ja voimakenttä. http://www.amber.ucsf.edu/amber/amber.html


amber mutation
amber-mutaatio
Lopetuskodoniin (UAG) johtava mutaatio.


amphipathic
amfipaattinen
Molekyyli tai sen osa on amfipaattinen, mikäli sen pinnalla on selkeästi erillisiä vesihakuisia ja vesipakoisia alueita.


amphipathic helix
amfipaattinen kierre
Proteiinirakenteessa esiintyvä kierrerakenne, jossa vesihakuiset ja vesipakoiset aminohapot sijoittuvat kierteen vastakkaisille puolille.


amplification
vahvistus, suurennus; erityisesti PCR:n yhteydessä myös monistaminen


annealing (hybridization)
1. Molekyylibiologiassa: komplementaaristen yksinauhaisten nukleiinihappojen pariutuminen. 2. Numeriikassa: Simulated Annealing, laskennallinen menetelmä, jota käytetään mm. optimointitehtävissä.


annotation
sekvenssikuvaus, annotaatio.
Sekvenssitietokantojen yhteydessä: sekvenssin ominaisuuksien kuvaaminen varsinaisen sekvenssin lisäksi tietokannassa. Genomisekvenssistä voidaan määrittää tunnettuja ja ennustettuja geenejä, näiden koodaavia alueita ja säätelyalueita, variaatioita, STS-kohtia jne. Proteiinisekvenssin kuvaus voi puolestaan sisältää tietoja proteiinin toiminnasta, translaation jälkeisistä modifikaatioista, domeineista, aktiivisista kohdista ja rakenteesta.


anticodon
antikodoni
Siirtäjä-RNA:n (tRNA:n) kolmen peräkkäisen kodonille vastakkaisen eli komplementaarisen nukleotidin muodostama tripletti, joka koodaa yhtä aminohappoa. Antikodoni tunnistaa kodonin, mikä mahdollistaa aminohappojen sijoittamisen oikealle kohdalle peptidiketjussa.


anticodon arm
antikodonisilmukka
tRNA:n antikodonin sisältävä osa.


antiparallel
vastakkaissuuntainen, antiparalleelinen


antisense
Geenille vastakkainen DNA-sekvenssi, joka toimii RNA:n mallina transkriptiossa.


autosome
autosomi
Muu kuin sukupuolikromosomi.

B



BAC
(bacterial artificial chromosome)
katso bacterial artificial chromosome.


backbone
pääketju (selkäranka, ranka)


bacterial artificial chromosome
(BAC)
keinotekoinen bakteerikromosomi
Molekyylibiologiassa käytetty kantaja (vektori).


bait
koetin
Katso: probe


base
emäs
Nukleiinihappojen yhteydessä: Nukleiinihappojen perusyksikkö. DNA:n neljä emästyyppiä ovat adeniini (A), guaniini (G), tymiini (T) ja sytosiini (C). RNA:ssa tymiinin tilalla esiintyy urasiili (U).


base pair
(bp)
emäspari
Nukleotidien emäkset, jotka kaksijuosteisessa DNA:ssa sitoutuvat toisiinsa vetysidoksilla. DNA:n neljä emästä ovat adeniini (A), guaniini (G), tymiini (T) ja sytosiini (C). Emäspareilla tarkoitetaan yleensä pareja A-T ja G-C, jotka ovat energeettisesti edullisimmat. RNA:ssa T korvautuu urasiililla (U).


Bayes' rule
Bayesin sääntö
Bayesilaisen todennäköisyyslaskennan perusolettamus. Bayesin sääntöä käytetään arvioitaessa ehdollisia todennäköisyyksiä, eli kahden tai useamman parametrin vaikutusta jonkin tapahtuman todennäköisyyteen. Esim. kahden parametrin (A ja B) tapauksessa sääntö on muotoa: Tapahtuman A ehdollinen todennäköisyys tapahtuman B yhteydessä, P(A|B) on yhtä suuri kuin tapahtuman A kokonaistodennäköisyys, P(A), kertaa tapahtuman B ehdollinen todennäköisyys tapahtuman A yhteydessä, P(B|A), jaettuna B:n kokonais- todennäköisyydellä, P(B). P(A|B) = P(A) P(B|A) / P(B)


Bayesian
Bayesilainen
Menetelmä, jossa käytetään Bayesin sääntöä.


B-DNA
B-DNA
DNA:n hydroitu rakennemuoto (Vertaa: A-DNA ja Z-DNA). Watsonin ja Crickin kuvaama DNA-rakennemuoto, jossa on 10,4 emäsparia/kierre.


beta-hairpin
hiusneularakenne
Proteiinin sekundäärirakenne, joka koostuu kahdesta vastakkaissuuntaisesta beta-säikeestä ja niitä yhdistävästä silmukasta.


beta-sheet
beta-levy, beta-taso
Vierekkäisten beta-säikeiden muodostama vetysidosten stabiloima proteiinien sekundäärirakenne. Taso on yhdensuuntainen tai vastakkaissuuntainen sen mukaan, kulkevatko vierekkäisten säikeiden peptidiketjut saman- vai erisuuntaisesti.


beta-strand
beta-säie
Proteiinin sekundäärirakenne, jossa pääketju on lähes maksimaalisesti oienneena. beta-säikeet voivat esiintyä yksittäin, mutta yleensä ne sijoittuvat proteiinirakenteissa vierekkäin muiden beta-säikeiden kanssa muodostaen beta-levyjä.


beta-turn
beta-käännös
Proteiinin sekundäärirakenne, jossa peptidiketju kääntyy jyrkästi kolmen aminohapon matkalla. Vetysidos pitää käännöstä koossa. beta-käännöksiä tunnetaan useita eri tyyppejä.


bioinformatics
bioinformatiikka
Biologisen ja lääketieteellisen informaation tietokoneavusteinen kerääminen, prosessointi ja analysointi.


BLAST
(Basic Local Alignment Search Tool)
Ohjelma/algoritmi joka etsii hakusekvenssin kanssa samankaltaista sekvenssiä ja rinnastaa sekvenssit paikallisesti. Hakusekvenssi ja -tietokanta voivat olla nukleotidi- ja proteiinisekvenssien mikä tahansa yhdistelmä eli DNA-sekvenssillä voi hakea myös aminohapposekvenssitietokannasta ja päin vastoin. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/


BLITZ
Rinnakkaislaskentaa hyödyntävä Smithin ja Watermanin algoritmiin pohjautuva sekvenssihakuohjelma.


BLOCKS
Tietokanta ja analyysipalvelin hyvin samankaltaisten proteiinisekvenssialueiden etsintään ja vertailuun. http://www.blocks.fhcrc.org/


BLOSUM
(Blocks Substitution Matrix)
Pisteytysmatriisisarja, jota käytetään sekvenssianalyyseissä. Perustuu BLOCKS-tietokannan kaukaista sukua olevien sekvenssien paikallisiin rinnastuksiin.


blunt ended
tylppäpäinen
Kaksinauhaisen DNA:n pää, jossa kumpikin nauha on yhtä pitkä.


bootstrap
itselataava
Menetelmä, jossa algoritmin antamaa tulosta testataan toistamalla algoritmia sekoitetuilla aloitusarvoilla tai syöttötiedoilla. Sekoitus tehdään satunnaisesti, mutta kuitenkin tavalla, jonka ei pitäisi vaikuttaa käytetyn menetelmän antamaan tulokseen.


bp
(base pair)
katso base pair.


byte
(MB)
tavu
Määrämittainen, yleensä kahdeksan bitin muodostama kokonaisuus. Esimerkiksi yhden kirjainmerkin esittämiseen tarvitaan yleensä yksi tavu.

C



CAAT-box
CAAT-sekvenssi
Useiden eukaryoottigeenien promoottorialueella sijaitseva konservoitunut DNA-sekvenssi, joka yleensä osallistuu transkription säätelyyn. CAAT-sekvenssi sijaitsee yleensä ns. TATA-laatikon 5'-puolella, n. 50 - 200 nukleotidia alavirtaan transkription aloituskohdasta.


CAI
(codon adaptation index)
katso codon adaptation index.


candidate gene
DNA-alue, jonka sijainti ja sekvenssi saattavat liittyä tarkasteltavaan ominaisuuteen, esim. perinnölliseen sairauteen.


cap
Kemiallinen rakenne, joka liitetään aitotumallisten esi-lähettiRNA:n 5'-päähän transkription jälkeen. Modifioitu guanosiinitrifosfaatti-7-metyyliguanosiini, joka on liittynyt 5'-5' trifosfaattisidoksella lähettiRNA:n 5'-päähän.


cap site
lähettiRNA:n 5'-pää. Kohta, johon cap-rakenne liitetään, merkitään usein geeniin +1:llä.


carrier
kantaja
1. Taudinkantaja, yksilö, joka ei itse sairasta tautia, mutta voi välittää sen aiheuttajaa (bakteeria, virusta) muihin yksilöihin. 2. Heterotsygoottinen yksilö, jolla on kromosomistossaan peittyvä geeni (esim. tautia aiheuttava). 3. Kuljettava aine, kantaja-aine, vektori.


CATH
(Class, Architecture, Topology and Homologous superfamily).
Tietokanta, jossa PDB-rakenteiden proteiinidomeenit on luokiteltu rakenteellisten ominaisuuksien mukaan. http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/cath/


cDNA
(complementary DNA)
komplementaarinen DNA, vastakkainen DNA
DNA-juoste, joka on syntetisoitu käyttäen mallina RNA:ta.


cDNA library
cDNA-kirjasto
Kokoelma cDNA-molekyylejä, jotka on pakattu kantajaan (plasmidi, faagi).


Celera
Genomien sekvensointiin erikoistunut yhtiö. http://www.celera.com/


centimorgan
(cM)
senttimorgan
Geneettisen etäisyyden mitta (1/100 Morgania). 1 cM vastaa karkeasti ottaen 1 miljoonaa emäsparia DNA:ta ja yhden prosentin rekombinaatiofraktiota. Rekombinaatiofraktion ja karttaetäisyyden tarkka suhde määritellään karttafunktioiden avulla.


centromere
sentromeeri
Kromosomikäsivarsien kiinnittymiskohta, johon tuman jakautumisessa kiinnittyvät myös tumasukkulan säikeet.


chaperone
kaperoni
Proteiini, joka avustaa toisen proteiinin laskostumista.


CHARMM
Biologisille makromolekyyleille kehitetty mallitusohjelmisto ja voimakenttä. http://yuri.harvard.edu/


chiasma
kiasma
Meioosissa homologisten kromatidien välille muodostuva rakenne, joka mahdollistaa kromatidien geneettisen materiaalin vaihtuminen eli tekijäinvaihdunnan.


chip (oligonucleotide array)
geenilastu, DNA-siru
Lasi- tai piilevy, tai kalvo, jonka pinnalle on syntetisoitu tai sidottu DNA-molekyylejä (geenien osia tai oligonukleotideja). Käytetään esimerkiksi geenien ilmentymisen analysoimisessa. Katso DNA microarray/cDNA array.


Chou-Fasman analysis
Choun ja Fasmanin analyysi
Yksi proteiinien sekundäärirakenteen ennustusmenetelmistä.


chromatid
kromatidi
Kahdentuneen kromosomin puolikas eli kromosomin puolikkaat ennen solunjakautumista edeltävää mitoosin metafaasivaihetta tai meioosin toisen jaon loppuvaiheita.


chromatin
kromatiini
Kromosomin pakkautunut DNA-rihma histoniproteiineineen. (Mikroskooppisesti: tiheästi pakkautunut heterokromatiini ja löysempi eukromatiini).


chromosomal map
kromosomikartta
Kromosomikuva, jossa on merkittynä geenimerkkien fyysinen sijainti.


chromosome
kromosomi
DNA-rihma, joka aitotumallisilla pakkautuu tiiviisti histoniproteiinien avulla. Pääosa solun geenistöstä on kromosomeissa.


clade
oksa, haara
sukupuun haara, kehityslinja. Samansukuinen ryhmä.


cladogram
kladogrammi
Puukaavio, joka kertoo tarkasteltavien yksiköiden eriytymisjärjestyksen, muttei erkaantumiseen kulunutta aikaa. Perustuvat kladistisiin ominaisuuksiin, joiden oletetaan sisältävän tietoa kehityshistoriallisesta alkuperästä.


clone
klooni
Perinnöllisesti samanlaisten yksilöiden tai solujen joukko.


Clustal (ClustaW, ClustalX)
Monen sekvenssin (DNA- tai aminohappo-) rinnastusohjelma. http://www.infobiogen.fr/docs/ClustalW/clustalw_help.html


cM
(centimorgan)
katso centimorgan.


coalescent
yhteensulautuminen
Evoluutiobiologiassa: teoria, jossa nykyhetkestä palataan mutaatioiden kautta muinaisiin alleeleihin. Voidaan käyttää esimerkiksi mutaatiotaajuuksien arvioinnissa.


coding strand
koodaava juoste.
Genomisen DNA:n juoste, jonka sekvenssi kopioituu lähettiRNA:han. Sekvenssiä julkaistaessa esitettävä emäsjärjestys.


codominance
kodominanssi
Periytymistapa, jossa molemmat alleelit ilmenevät fenotyypissä.


codon
kodoni
lähettiRNA:ssa kolme peräkkäistä emästä, jotka proteiinisynteesissä vastaavat yhtä aminohappoa tai translaation lopetusta.


codon adaptation index
(CAI)
kodonien adaptaatioindeksi
Synonyymikodonien käyttöön liittyvä mitta.


cohesive end
koheesiivinen pää
Kaksijuosteisen DNA:n pää, jossa toinen juoste on pidempi eli jatkuu yksijuosteisena.


coiled coil
kiertynyt kierre
Proteiinirakenne, jossa samansuuntaiset alfa-kierteet kiertyvät toistensa ympäri.


complementary
komplementaarinen
Vastin- tai nukleiinihappojuoste, jonka jokainen nukleotidiemäs pariutuu (Watson-Crick -periaatteen mukaisesti) toisen juosteen kanssa.


complementary base
vastinemäs
Kaksijuosteisessa DNA:ssa jokaista A:ta vastaa T ja jokaista G:tä C.


complex disease
monitekijäinen tauti
Tila, jonka syntyyn vaikuttavat useiden geenien lisäksi myös ympäristötekijät. Katso multifactorial ja multigenic disease sekä polygenic disorders.


consensus sequence
konsensussekvenssi
DNA-, RNA- tai aminohapposekvenssiryhmän perusteella matemaattisin menetelmin tehty sekvenssi, joka kuvastaa nukleotidien tai aminohappojen yleisintä muotoa kussakin sekvenssin kohdassa. Alueet, joilla vastaavuus on suuri, heijastavat yleensä yhteistä toiminnallista historiaa.


contig
jatkumo
Lyhyistä, osittain päällekkäisistä sekvensseistä yhdistelemällä muodostettu yhtenäinen sekvenssi.


cosmid
kosmidi
Kantaja (vektori), joka on tehty yhdistämällä lambda-faagin DNA:ta bakteerin plasmidiin. Käytetään usein pitkien DNA-fragmenttien kloonaamisessa.


covariance
kovarianssi
Kahden muuttujan yhteistä vaihtelua kuvaava tunnusluku.


CpG island
CpG-saareke
Runsaasti C- ja G-nukleotideja sisältävä alue. Usein lähellä aktiivisesti ilmennettäviä geenejä.


crossing over
tekijäinvaihdunta
Geneettisen materiaalin vaihtuminen vastinkromosomien välillä kromatidirihmojen ristiinmenon yhteydessä meioosin 1. jaossa.


CSC - Tieteellinen laskenta Oy
Opetusministeriön omistama voittoa tavoittelematon osakeyhtiö, joka tarjoaa supertietokone-, laskenta-, ohjelmisto-, tietokanta- ja asiantuntijapalveluita mm. bioinformatiikassa. http://www.csc.fi

D



Dali
Menetelmä ja WWW-palvelin, jolla voi verrata proteiinin 3D-rakennetta PDB-tietokannassa oleviin rakenteisiin. Katso myös FSSP. http://www.ebi.ac.uk/dali/


DD
(differential display)
katso differential display.


DDBJ
(DNA DataBank of Japan)
Japanilainen nukleotidisekvenssitietokanta, jota ristiinpäivitetään EMBL:n ja GenBankin kanssa. http://www.ddbj.nig.ac.jp/Welcome.html


deamination
deaminaatio
Aminoryhmän poisto.


degeneracy
degeneroituneisuus
Molekyylibiologiassa: Useimpia aminohappoja voi koodata useampi kuin yksi kodoni eli samaa aminohappoa voi vastata useampi kuin yksi nukleotidisekvenssi. Aminohapposekvenssistä ei välttämättä selviä alkuperäinen nukleotidisekvenssi, mutta nukleotidisekvenssi voidaan yksiselitteisesti kääntää aminohapposekvenssiksi. Tästä johtuen geneettinen koodi voidaan luokitella degeneroituneeksi koodiksi.


deletion
poistuma, deleetio, puuttuma
Nukleiinihappojuosteen osan ja siinä olevien geenien poistuminen. Mutaatiotyyppi.


denaturation
denaturoituminen
Nukleiinihappojen vastinjuosteiden irtautuminen emäspariutumisen purkautuessa, tai proteiinien kolmiulotteisen rakenteen avautuminen ulkoisten tekijöiden vaikutuksesta (lämpötila, pH, jne.).


dendrogram
dendrogrammi, puukaavio
Mikä tahansa puumainen kaavio, joka kuvaa yksikköjen - kuten organismien - välisiä suhteita. Esim. sukupuu.


de novo
uudelleen, alusta
Synteesi yksinkertaisista rakennekomponenteista lähtien.


depurination
depurinaatio
Puriinin poisto nukleiinihapoista.


DGGE technique
DNA-geelielektroforeesi denaturoivassa pH-gradientissa. Käytetään geenien monimuotoisuuden analysoinnissa.


dideoxynucleotide
dideoksinukleotidi
Nukleotidi, jossa deoksiriboosi on korvattu dideoksiriboosilla. DNA-polymeraasit eivät pysty liittämään uusia nukleotideja dideoksinukleotideihin, mistä johtuen niitä voidaan käyttää polymerisaation pysäyttämiseen.


dideoxynucleotide sequencing
dideoksinukleotidisekvensointi
Sangerin entsymaattinen DNA:n sekvensointimenetelmä, jossa sekvensoitavalle juosteelle syntetisoidaan dideoksinukleotidien läsnäollessa leimattuja, eri pituisia juosteita. Pituusjärjestyksen avulla voidaan määrittää DNA:n emäsjärjestys.


differential display
(DD)
lähettiRNA-populaatioista RT-PCR:llä muodostettu kokoelma eri pituisia DNA-fragmentteja, jotka sekvensointigeelissä eroteltuna osoittavat samankaltaisesti tai eri tavoin ilmeneviä geenejä.


dihedral angle
kiertokulma, tasokulma, dihedraalikulma


diploid
diploidi
Solu, jonka tumassa on kaksi vastinkromosomistoa (yksi kummaltakin vanhemmalta), yleensä somaattiset eli muut kuin sukusolut.


diplotype
diplotyyppi
Kutakin kromosomia kaksi kappaletta.


direct repeat
suora toisto
Samassa suunnassa toistuva emäsjärjestys (esim. ACT ACT ACT). Katso palindromi.


Discover
Kaupallinen, MSI:n tuottama molekyylisimulaatio-ohjelmisto, joka soveltuu myös biologisten makromolekyylien simuloimiseen.


distance geometry
etäisyysgeometria
Molekyylien rakennemäärittelyssä käytettävä laskennallinen menetelmä. Menetelmässä määritetään joukko atomien välisten etäisyyksien välisiä raja-arvoja, joiden perusteella luodaan molekyylin rakennemalleja. Käytetään etenkin NMR-spektroskopian yhteydessä.


distance matrix
etäisyysmatriisi
Taulukko, joka kuvaa taksonien parittaisia eroja.


disulphide bond
disulfidisidos, rikkisilta
Kahden rikkiatomin välinen kovalenttinen sidos. Proteiineissa kysteiinisivuketjujen välisillä disulfidisidoksilla eli rikkisilloilla on usein merkittävä vaikutus proteiinin kolmiulotteiseen rakenteeseen. Katso disulphide bridge.


disulphide bridge
rikkisilta
Kahden kysteiinisivuketjun rikkiatomien välinen disulfidisidos. Proteiinirakenteissa rikkisillat voivat sitoa kovalenttisesti yhteen kaksi sekvenssin eri kohdissa olevaa kysteiiniä ja siten vaikuttaa proteiinin rakenteeseen ja sen vakauteen.


DNA
(deoxyribonucleic acid)
deoksiribonukleiinihappo


DNA microarray
DNA-siru
Alustalle (lasi tai kalvo) kiinnitetty kokoelma DNA-molekyylejä, jotka voidaan hybridisoida liuoksessa olevan nukleiinihappokokoelman kanssa.


docking
telakointi
Molekyylien sovittaminen toisiinsa esimerkiksi ligandien sitoutumista tutkittaessa.


domain
domeeni
Proteiinirakenteen itsenäisesti poimuttuva yksikkö.


donor
luovuttaja, donori
Atomi, molekyyli tai solu, joka luovuttaa vastaanottajalle esimerkiksi elektronin, molekyylin tai molekyyliryhmän


double helix (Watson-Crick model)
kaksoiskierre, Watsonin ja Crickin malli
Molekyylibiologiassa: DNA:n vastinjuosteet kiinnittyvät emäsosistaan toisiinsa kaksoiskierteiseksi molekyylirakenteeksi.


double-stranded
kaksijuosteinen (-nauhainen, -säikeinen)
Nukleiinihapporakenne, joka muodostuu kahdesta emäspariutuneesta vastinjuosteesta.


Double Twist
Bioinformatiikkapalveluja tarjoava yritys. http://www.doubletwist.com/


downstream
alavirran puoleinen,
5'-3' -suuntaan etenevä, 3'-puolella sijaitseva; proteiineissa karboksiterminaalipään puoleinen.


dsDNA
(double-stranded DNA)
kaksijuosteinen (-nauhainen, -säikeinen) DNA


dsRNA
(double-stranded RNA)
kaksijuosteinen (-nauhainen, -säikeinen) RNA


duplication
(kromosomin osan) kahdentuminen
Kromosomin osan kahdentuminen. Mutaatiotyyppi.

E



EBI
(European Bioinformatics Institute)
Euroopan bioinformatiikan instituutti Hinxtonissa, Cambridgessä (UK). http://www.ebi.ac.uk


edit distance
muokkausetäisyys, editointietäisyys


EM algorithm
(expectation maximisation algorithm)
odotuksen maksimointialgoritmi
Yleinen menetelmä maksimaalisen samankaltaisuuden laskemiseen.


EMBL
Euroopan molekyylibiologian laboratorion ylläpitämä DNA-sekvenssitietokanta, jota ristiinpäivitetään DDBJ:n ja GenBankin kanssa. http://www.ebi.ac.uk/embl/index.html


EMBnet
Tiedepohjainen eurooppalaisten (ja useiden Euroopan ulkopuolisten) asiantuntijakeskusten muodostama verkosto, jonka avulla kunkin osanottajamaan molekyylibiologit saavat palveluja kansallisen keskuksen tarjontaa laajemmalta alalta. http://www.embnet.org


EMBOSS
(The European Molecular Biology Open Software Suite)
Sekvenssianalytiikan ohjelmistopaketti. Eurooppalaisten bio-ohjelmistokehittäjien yhteistyöhanke, jossa yhdistetään jo olemassa olevia ja kehitettäviä ohjelmia ja työkaluja julkisesti saatavaksi ohjelma- ja kirjastokokonaisuudeksi. http://www.uk.embnet.org/Software/EMBOSS


endonuclease
endonukleaasi
Nukleiinihappoa juosteen keskeltä pilkkova entsyymi.


enhancer
tehostaja, voimistaja
Molekyylibiologiassa: transkriptiotekijä, joka yleensä aktivoi transkriptiota.


Ensembl
EBI:n ja Sanger Centerin ylläpitämä genomidataan keskittynyt WWW-palvelin. http://www.ensembl.org/


EST
(expressed sequence tag)
katso expressed sequence tag.


eukaryote (eucaryote)
eukaryootti, aitotumallinen
Eliö, jonka kromosomeilla on nukleosomirakenne ja jonka kromosomit ovat tumassa tumakotelon eristäminä solulimasta. Solulimassa on tehtäviltään erikoistuneita soluelimiä.


Eulerian path/cycle
Eulerin polku/polku
Graafiteorian mukaisessa esityksessä polku, joka kulkee graafin kaikkien särmien (edge) kautta. Mikäli polku kulkee niin että se lopuksi palaa lähtöpisteeseensä, kyseessä on Eulerin ketju. Katso Graph theory.


evolutionary distance
evoluutioetäisyys
Taksonien väliset erot esim. molekyyleissä ovat tarkasteltavissa stokastisin menetelmin, joiden avulla kullekin taksoniparille saadaan evolutiivista etäisyyttä kuvaava tunnusluku.


evolutionary tree
evoluutiopuu
Puukaavio, jolla esitetään taksonien evoluutioetäisyyttä.


exon
eksoni
Aitotumallisen geenin proteiinia koodaava osa, joita voi olla geenissä useita. Eksoneita on myös aitotumallisten viruksissa. Eksonien välisiä osia kutsutaan introneiksi.


exonuclease
eksonukleaasi
Nukleiinihappojuostetta päistä hajottava entsyymi.


exonuclease footprinting DNase footprinting
Menetelmä, jolla voidaan paikantaa DNA:han sitoutuvien proteiinien sitoutumiskohta.


ExPASy
(Expert Protein Analysis System)
Proteomiikkapalvelin, jota ylläpitää Swiss Institute of Bioinformatics (SIB). http://www.expasy.ch/


expressed sequence tag (EST)
ilmenevän geenin osa
EST-sekvenssi on solun tietyssä tilassa ilmenevän geenin satunnaisesti ja usein vain osittain sekvensoitu cDNA-klooni.


expression
ilmentyminen
DNA:n koodaaman proteiinin tuottaminen. Termiä käytetään usein (virheellisesti) synonyyminä transkriptiolle.


extinction
sukupuutto


ex vivo
kehon ulkopuolella

F



FastA
Sekvenssihakuohjelma, joka perustuu Pearsonin ja Lipmanin algoritmiin. http://fasta.bioch.virginia.edu/


FISH
(fluorescence in situ hybridization)
katso fluorescence in situ hybridization.


Fitch-Margoliash method
Fitch-Margoliash -menetelmä
Evolutiikassa: puukaavioiden luomisessa käytettävä heuristinen menetelmä.


flanking sequence
kohdesekvenssin viereiset alueet (5'-flank, 3'-flank).


fluorescence in situ hybridization
(FISH)
Kudos- tai soluvalmisteille käytettävä hybridisaatioanalyysimenetelmä, jossa käytetään fluoresoivia merkkiaineita eli leimoja.


flush ended
kohesiivinen pää
Kaksijuosteinen DNA, jossa toinen juosteista on pidempi. Katso sticky ended.


fold
yleisrakenne, poimutus
Käytetään kuvaamaan proteiinin tai muun makromolekyylin järjestäytynyttä kolmiulotteista rakennetta yleisellä tasolla. Proteiineilla voi olla samanlainen yleisrakenne (esimerkiksi neljän kierteen kimppu), vaikka niiden aminohappokoostumus ja tarkka kolmiulotteinen rakenne ovat erilaisia.


folding
laskostuminen, poimuttuminen
Prosessi, jossa proteiinin tai muun makromolekyylin kolmiulotteinen rakenne hakeutuu sille ominaiseen muotoon.


frameshift
Lukukehyksen muuttuminen esim. poistuman tai lisäyksen seurauksena.


FSSP
(Fold classification based on Structure-Structure alignment of Proteins)
Tietokanta, jossa PDB-rakenteet on luokiteltu 3D-rakenteidensa perusteella Dali-menetelmällä. http://www.ebi.ac.uk/dali/fssp/fssp.html


FTP
(File Transport Protocol)
Yleinen tiedostojen siirtokäytäntö tietokoneiden välillä.

G



gamete
sukupuolisolu
Tavallisesti haploidit solut, jotka yhtyessään muodostavat tsygootin.


gap
aukko
Aukko sekvenssirinnastuksessa.


GAP
Ohjelma sekvenssien parittaiseen vertailuun.


GCG
(The Wisconsin Package of the Genetics Computer Group, Inc. )
Sekvenssianalytiikkaohjelmisto, joka sisältää ohjelmia DNA-, RNA- ja proteiinisekvenssien karakterisointiin, hakuun ja vertailuun. http://www.accelrys.com/products/gcg_wisconsin_package/index.html


GenBank
Yhdysvaltalainen NCBI:n ylläpitämä DNA-sekvenssitietokanta, jota ristiinpäivitetään EMBL:n ja DDBJ:n kanssa. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/index.html


gene expression
geenin ilmeneminen
Puhekielessä (virheellisesti) usein transkriptio.


Genehunter
Kytkentäanalyysiohjelma, jota voi käyttää sekä parametriseen että ei-parametriseen kytkentäanalyysiin. Ohjelmalla voi analysoida vain pieniä sukupuita, mutta useita geenimerkkejä voidaan käyttää samanaikaisesti. http://linkage.rockefeller.edu/soft/gh/


genetic algorithm
geneettinen algoritmi
Evoluutiomekanismeja matkiva optimointimenetelmä. Algoritmi perustuu ongelman kuvaamiseen ratkaisujoukkona, johon kohdistetaan valintaa, tekijäinvaihduntaa ja mutaatioita.


genetic code
geneettinen koodi
Kaava, jonka mukaan lähettiRNA:n emäskolmikot vastaavat translaation aloitusta, lopetusta tai tiettyjä aminohappoja. Tämän kaavan perusteella geeni ohjaa sitä vastaavan polypeptidin syntyä.


genetic map, linkage map
geneettinen kartta, kytkentäkartta
Kromosomikartta, jossa geenien tai geenimerkkien sijainti on esitetty suhteessa toisiinsa. Ei välttämättä vastaa täysin fyysistä sijaintia.Myös geenien sisäistä rakennetta kuvaavia karttoja kutsutaan geenikartoiksi.


genetic marker
geenimerkki
Geneettinen ero, jota käytetään hyväksi geneettistä rekombinaatiota tutkittaessa. Geenikarttaan liittyvä ominaisuus (esim. perinnöllinen sairaus), jota vastaavan geneettisen rakenteen sijainti kromosomissa tunnetaan. Katso marker.


genetic risk
geneettinen riski
Mahdollisuus jonkin ominaisuuden, yleensä sairauden, ilmenemiseen.


GeneWise
Algoritmi/ohjelma, jota käytetään genomisten DNA-sekvenssien etsinnässä ja analyyseissä. Perustuu kätkettyihin Markovin malleihin. http://www.sanger.ac.uk/Software/Wise2


genome
perimä, genomi
Eliön tai solun kromosomien sisältämä perinnöllinen informaatio.


genomic DNA
genominen DNA
Solun DNA-fraktio, joka muodostuu kromosomeista (ei siis sisällä soluelinten DNA:ta).


genotype
genotyyppi
Solun tai yksilön geneettinen kokonaisuus. Katso fenotyyppi.


germ cell
itusolu
Monisoluisen yksilön lisääntymissolu


germ line
itulinja, iturata
Sukusolujen syntyyn johtava solulinja.


global alignment
kokonaisrinnastus
Sekvenssien rinnastaminen niin, että sekvenssien samankaltaisuuksia pyritään löytämään koko pituudelta. Katso local alignment.


graph theory
graafiteoria, verkkoteoria
Graafiteoriaa voidaan käyttää tapauksissa, joissa tukittava ongelma voidaan esittää verkkomaisena kuvana, joka koostuu solmupisteistä eli kärjistä (vertex) sekä niitä yhdistävistä väleistä eli särmistä (edge). Bioinformatiikassa graafiteoriaa voidaan soveltaa mm. sekvensoinnissa ja proteomiikassa esiin tuleviin ongelmiin, joissa ratkaisu kootaan suuresta joukosta osaratkaisuja (esim. sekvenssi sekvenssipaloista). Katso myös Eulerian path ja Hamiltonian path.


Greek key motif
Greek kay -motiivi
beta-säikeiden muodostama rakenteellinen motiivi.


GROMACS
Biologisille makromolekyyleille kehitetty mallitusohjelmisto ja voimakenttä. http://rugmd4.chem.rug.nl/~gmx/

H



Hamiltonian path/cycle
Hamiltonin polku/ketju
Graafiteorian mukaisessa esityksessä reitti, joka kulkee graafin kaikkien solmupisteiden (vertex) kautta. Mikäli polku kulkee niin, että se lopuksi palaa lähtöpisteeseensä, kyseessä on Hamiltonin ketju. Katso graph theory.


haploid
haploidi
Tuma, solu tai yksilö, jossa on vain yksi kopio kutakin kromosomia, esim. sukusolut.


haplotype
haplotyyppi
Geeniryhmä, jossa kutakin geeniä vastaa yksi alleeli, jotka yhdessä muodostavat genotyypin. Myös kromosomi tai kromosomin osa, jonka alleelit ovat kytkeytyneet toisiinsa.


HCA
(hydrophobic cluster analysis)
katso hydrophobic cluster analysis.


helical wheel
kierrekaavio
Peptidisekvenssin esitystapa, jossa kuvataan sivuketjujen sijoittuminen alfa-kierteen eri puolille. Käytetään amfipaattisten kierteiden etsimisessä.


helix-coil transition
kierteen purkautuminen
Nukleiinihappojen kaksoiskierteen tai proteiinien rakenteen purkautuminen esimerkiksi lämpötilan vaikutuksesta.


helix-loop-helix (HLH) motif
kierre-silmukka-kierre -motiivi
Kaksi alfa-kierrettä, joita erottaa silmukka. Transkriptiotekijöihin liittyvä motiivi, joka tunnistaa spesifisiä DNA-sekvenssejä ja sitoutuu niihin.


helix-turn-helix (HTH) motif
kierre-käännös-kierre -motiivi
Kaksi amfipaattista alfa-kierrettä, joita erottaa lyhyt beta-käännös. Transkriptiotekijöihin liittyvä motiivi, joka tunnistaa spesifisiä DNA-sekvenssejä ja sitoutuu niihin.


heteroduplex
heterodupleksi
DNA-molekyyli, jossa juosteet ovat erilaisia. Juosteilla voi olla eri alkuperä, jolloin komplementaariset juosteet on saatu yhdistymään in vitro tai dupleksi muodostuu lähettiRNA:sta sekä vastaavasta DNA:sta.


heteroduplex analysis (mismatch analysis)
heterodupleksianalyysi
Eri alkuperää olevien DNA-juosteiden annetaan liittyä toisiinsa heterodupleksiksi, minkä jälkeen erot kartoitetaan. Kartoitusmenetelmiä on useita.


heterozygosity
heterotsygoottisuus
Tila, jossa vähintään yhden lokuksen alleelit ovat yksilön vastinkromosomeissa keskenään erilaiset.


heuristic
heuristinen, kokemusperäinen
Algoritmien yhteydessä heuristisella menetelmällä tarkoitetaan kokemusperäistä ja/tai oletuksiin perustuvaa menetelmää.


high throughput genome
(HTG)
Viimeistelemätöntä sekvenssiaineistoa, josta kuitenkin on hyötyä esimerkiksi sekvenssihauissa. Tietokannassa vähintään kahden kiloemäksen palasina. Nopeasti tuotettua raaka-aineistoa, jota ei ole varmennettu.


histone
histoni
DNA:han sitoutuva, sitä stabiloiva ja sen toimintaa säätelevä proteiini. Histonit jaotellaan viiteen eri tyyppiin: H1, H2a, H2b, H3 ja H4. Histonien avulla aitotumallisten (eukaryoottien) DNA pakkautuu tiiviisti.


HMM
(Hidden Markov Model)
kätketty Markovin malli
Malli, jossa havaintoja mallitetaan piilevällä kerroksella, jolle on määritelty Markov-ominaisuus (mallin seuraava tila riippuu vain edellisestä tilasta).


HMMer
Ohjelmapaketti, joka käyttää HMM-menetelmää sekvenssianalytiikassa. http://hmmer.wustl.edu/


hnRNA
(heterogeneous nuclear RNA)
heterogeeninen tuman RNA
Lyhytikäinen ja suurimolekyylinen lähettiRNA:n esiaste.


homeobox
homeolaatikko
Konservoitunut DNA-jakso, joka alunperin löytyi banaanikärpäsen useista homeoottisia tai segmentaatiomutaatioita aiheuttavista geeneistä.


homeodomain
homeodomeeni
Homeolaatikko-sekvenssin koodaama proteiinin osa.


homologous recombination
homologinen rekombinaatio
Tekijäinvaihdunta homologisten lokusten välillä.


homologue
homologi, samankaltainen sekvenssi
Evolutiivinen sukulaissekvenssi.


homology
homologia
Evolutiivinen samankaltaisuus, joka perustuu yhteiseen kantamuotoon.


homozygosity
homotsygoottisuus
Tila, jossa lokusten alleelit vastinkromosomeissa ovat samanlaiset. Katso heterozygosity.


Hopp-Woods
Yksi proteiinien hydropaattisuuden ennustusmenetelmistä.


hormone response element
(HRE)
hormonivastealue
DNA-sekvenssi, jonka hormonireseptori tunnistaa ja jonka ilmenemistä reseptori säätelee.


hot spot
DNA-alue, jossa muita alueita selvästi useammin tapahtuu evolutiivisia muutoksia, esim. mutaatioita.


HRE
(hormone response element)
katso hormone response element.


HTG
(high throughput genome)
katso high throughput genome.


HTML
(HyperText Markup Language.)
WWW-sivujen kuvauskieli.


HTTP
(HyperText Transfer Protocol.)
WWW-palvelimien käyttämä yhteydenpitomenetelmä.


hybridization
yhdistyminen, hybridisaatio
1. Tapahtuma, jossa kaksi vastakkaista nukleiinihappojuostetta liittyy yhteen. Käytetään geenitekniikassa nukleiinihappojen tunnistusmenetelmänä. Voidaan käyttää diagnostiikassa tiettyjen DNA-jaksojen osoittamiseen näytteestä (katso: probe, koetin). 2. Risteytyminen. 3. Solujen yhdistäminen keinotekoisesti.


hydrogen bond (H-bond)
vetysidos
Elektronegatiivisen atomin ja toiseen elektronegatiiviseen atomiin kovalenttisesti sitoutuneen vetyatomin välinen vuorovaikutus (esimerkiksi C=0··H-N). Vetysidokset ovat voimakkaimpia biomolekyyleissä esiintyvä ei-kovalenttisia vuorovaikutuksia. Niillä on merkittävä vaikutus mm. emäsparien muodostumiseen ja proteiinien laskostumiseen.


hydropathy
hydropaattisuus
Vesihakuisuuden ja -pakoisuuden yleistermi.


hydropathy plot
proteiinin hydropaattisuuden ennuste
Kuvaaja, jossa on esitetty proteiinisekvenssin vesipakoisuus tai vesihakuisuus sekvenssin funktiona. Yleensä arvo lasketaan käyttämällä tietyn mittaista tarkastelualuetta ja (painotettua) keskiarvoa, jolloin myös sekvenssissä tutkittavan aminohapon ympärillä olevat kohdat tulevat huomioiduiksi.


hydrophilicity
vesihakuisuus, hydrofiilisyys


hydrophilic residue
vesihakuinen aminohappo


hydrophobic cluster analysis
(HCA)
hydrofobinen klusterianalyysi
Ennustaa hydropaattisuutta ja sekundäärirakenteita.


hydrophobic interaction
hydrofobinen vuorovaikutus
Molekyylien välinen näennäinen vuorovaikutus, joka aiheutuu niiden vettä hylkivästä luonteesta.


hydrophobicity
vesipakoisuus, hydrofobisuus
Termi, joka kuvaa ei-polaaristen molekyylien taipumusta pyrkiä pois vesiympäristöstä. Aminohappojen sivuketjujen vesipakoisuus vaihtelee suuresti, eikä sen kuvaamiseen ole yksiselitteistä keinoa tai asteikkoa. Aminohapoille yleisesti käytettyjä hydrofobisuusasteikkoja ovat mm. Kyte-Doolittle ja Hopp-Woods.


hydrophobic moment
hydrofobinen momentti
Molekyyliin tai sen osaan vaikuttavien vesihakuisten ja vesipakoisten vuorovaikutusten summaa kuvaava suure. Vaikuttaa merkittävästi esimerkiksi kalvoproteiineissa.


hydrophobic zipper (leucin zipper)
hydrofobinen vetoketju
DNA:han sitoutuvissa proteiineissä esiintyvä rakenne, jolla proteiini tunnistaa sitoutumiskohdan DNA:ssa. Rakenne muodostuu kahdesta rinnakkaisesta kierteestä, joissa molemmissa joka seitsemäs aminoppo on vesipakoinen (yleensä leusiini).

I



inborn error
synnynnäinen virhe


indel (insertion or deletion)
lisäys tai poistuma DNA- tai proteiinimolekyylissä.


information theory
informaatioteoria
Todennäköisyysteorian osa-alue.


in frame
lukukehyksessä, lukukehyksen säilyttävä


initiation codon
aloituskodoni
lähettiRNA:n emäskolmikko (yleensä 5'-AUG), josta proteiinisynteesi alkaa.


initiator tRNA
aloitus-tRNA
Aminohapposynteesin aloittava tRNA.


insertion
lisäys
Yhden tai useamman DNA-nukleotidin tai aminohapon lisäys. Mutaatiotyyppi.


InsightII
Kaupallinen molekyylimallitusohjelma, joka sisältää useita biologisten makromolekyylien mallitukseen soveltuvia ominaisuuksia. http://www.accelrys.com/insight/index.html


in silico
tietokoneessa
Toimenpide joka tehdään laskennallisesti. Esim. erilaiset simulaatiot.


in situ
paikan päällä, paikallaan
Tekniikat, joissa tutkittava solu, kudos tai solukko on joko alkuperäisellä paikallaan tai kiinnitetty esim. lasilevylle.


Intelligenetics
DNA- ja proteiinisekvenssianalyysityökaluja kehittävä ja myyvä yritys.


intron
introni
Geeninsisäinen exonien välissä oleva ei-ilmentyvä DNA-alue. Introni kopioidaan RNA:ksi, mutta poistetaan siitä ennen proteiinisynteesiä. Katso: exon ja splicing.


inverse PCR
käänteinen PCR


inversion
kääntymä
Kromosomin osa irtoaa alkuperäiseltä paikaltaan, kääntyy 180 astetta ja liittyy takaisin kromosomiin. Mutaatiotyyppi


inverted repeat
(IR)
käänteistoisto
Nukleotidisekvenssi, joka on käänteinen verrattavalle sekvenssille. Useimmiten alle 50 emästä. IS-elementtien osia. (IS-elementti, insertion sequence, on transposonityyppi).


in vitro
koeputkessa
Toimenpide, joka tehdään keinotekoisissa olosuhteissa, esim. koeputkessa tai kasvatusalustalla.


in vivo
elimistössä tai solussa
Toimenpide, joka tehdään luonnollisissa olosuhteissa, esimerkiksi elävässä solussa tai kudoksessa.


IR
(inverted repeat)
katso inverted repeat.


isoschizomer
isoskitsomeeri
Restriktioenstyymit, jotka tunnistavat saman sekvenssin, ovat keskenään isoskitsomeereja.

J



Jukes-Cantor model
Jukesin ja Cantorin malli
DNA:n emäskorvautumismalli, jossa kaikki korvautumismahdollisuudet ovat yhtä todennäköisiä.

K



karyotype
karyotyyppi
Solun tai organismin kaikki kromosomit, erityisesti mitoottisista soluista valokuvattujen ja pareittain rakenteen tai lukumäärän perusteella järjestettyjen kromosomien kokonaisuus.


kb
(kilobase)
katso kilobase (kb), kilobasepair (kbp).


kbp
(kilobasepair)
katso kilobase (kb), kilobasepair (kbp).


KEGG
Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes
Palvelu johon on koottu tietoa molekyylibiologisista reaktio- ja signaalireiteistä sekä molekyylien ja geenien välisistä vuorovaikutuksista. http://www.genome.ad.jp/kegg/


kilobase, kilobasepair
(kb, kbp)
kiloemäs, kiloemäspari
Tuhannen nukleotidin pituinen DNA- tai RNA-jakso.


Kimura model
Kimuran malli
2-parametrinen ja 3-parametrinen Kimuran malli ovat yleisesti käytettyjä DNA:n emäskorvautumismalleja. 2-parametrisessa mallissa transitioiden todennäköisyys on eri kuin transversioiden todennäköisyys. 3-parametrisessa mallissa mallia on kehitetty siten, että eri transversioille käytetään kahta eri parametria.


knock-out
poistogeeninen
Eliö, jonka joku geeni on poistettu toiminnasta.


Kozak sequence
Proteiinisynteesin lähettiRNA-aloituskodonin koodaaman aminohapon ympäriltä valmiista proteiinista löytyvä konservoitunut jakso.


ktup
Monien hakualgoritmien (mm. FastA) parametri, joka määrittelee, kuinka pitkiä sekvenssialueita haun ensimmäisessä vaiheessa tarkastellaan. Parametri vaikuttaa sekvenssihaun herkkyyteen ja nopeuteen ( arvo on tyypillisesti 1 tai 2 proteiineille, 3-6 nukleiinihapoille; mitä pienempi, sitä herkempi, mutta hitaampi).


Kyte-Doolittle
Algoritmi aminohapposekvenssin hydropaattisuuden laskemiseen.

L



lagging strand
viivästynyt ketju, jälkijuoste
DNA:n kahdentuessa toinen syntyvistä juosteista. Syntyy pieninä, myöhemmin yhteenliitettävinä palasina.


LCR
(locus control region)
katso locus control region.


leader sequence
johtosekvenssi
Esitumallisten eliöiden aminohapposynteesin säätelyyn liittyvä sekvenssi. Johtosekvenssi koodaa johtopeptidiä, joka sisältää useita kappaleita sitä aminohappoa, jonka synteesin säätelyyn kyseinen johtosekvenssi liittyy.


leading strand
johtava ketju, johtojuoste
DNA:n kahdentuessa uusista juosteista se, joka syntyy jatkuvana kokonaisuutena.


LINE
(long interspersed repeat element)
katso long interspersed repeat element.


linkage
kytkentä
Eri lokusten alleelit voivat periytyä yhdessä, jos ne sijaitsevat samassa kromosomissa. Etäisyyden mittana käytetään lokusten välistä rekombinaatiotaajuutta. Kytkentää hyödynnetään esim. geenikarttojen teossa.


Linkage
ohjelma kytkentäanalyysiin. Ohjelma on käyttökelpoinen suurille sukupuille, mutta laskenta-algoritmi mahdollistaa vain muutaman merkkigeenin samanaikaisen käytön. http://linkage.rockefeller.edu/soft/linkage/


local alignment
paikallinen rinnastus
Vertailtavista sekvensseistä etsitään huomattavan samankaltaisia alueita. Tulos esitetään yleensä taulukkona, jossa sekvenssien vastinkohdat ovat samassa sarakkeessa. Vert. kokonaisrinnastus, global alignment.


locus (pl. loci)
lokus
Geenin paikka kromosomissa tai kromosomikartassa.


locus control region
(LCR)
Alue, jolla geenin säätelyä ohjaavat elementit (promoottorit ja tehostajat) sijaitsevat.


lod score
Kymmenkantainen logaritmi kytkentää testaavasta uskottavuusosamäärästä. Kahden lokuksen kytkentää esittävä tilastotieteellinen arvo. Jos arvo on kolme tai suurempi, katsotaan lokusten olevan kytkeytyneitä toisiinsa.


Logo
Usean sekvenssin rinnastusohjelma.


LOH
(loss of heterozygosity)
heterotsygotiavaje
katso loss of heterozygosity.


long interspersed repeat element
(LINE)
Usean kiloemäksen pituinen nisäkkäiden genominen toistojakso.


long terminal repeat
(LTR)
Usean sadan emäksen pituiset käänteiset toistojaksot transposonien ja virusten esiasteiden DNA-ketjun päissä. Vaikuttavat transposonien ja viruksien esiasteiden liittymiseen isäntä-DNA:han.


loop
silmukka
Yleisnimitys lyhyille proteiini- tai nukleiinihapporakenteille, jotka yhdistävät sekundäärirakenteita. Atk: ohjelmassa oleva toistettava osuus.


loss of heterozygosity
(LOH)
Näytteiden välinen ero heterotsygoottien määrässä. Jos toinen näyte on selvästi homotsygoottisempi, kutsutaan ilmiötä LOH:ksi.


LTR
(long terminal repeat)
katso long terminal repeat.

M



MACAW
Ohjelma, jolla voi paikallisesti rinnastaa sekvenssejä.


main chain
pääketju, selkäranka
Monomeerit toisiinsa liittävä polymeerin (esimerkiksi proteiinin tai nukleiinihapon) rakenneosa.


marker
merkkijakso
Genominen tai soluelimen DNA:n emäsjärjestys, joka eroaa tarpeeksi yksilöiden välillä, jotta sen periytymistä sukulinjassa ja/tai erilaisissa soluissa voidaan jäljittää. Merkkijakso voi olla geenissä tai geenien ulkopuolella.


masking
peittäminen, suodatus.
poistaa yksinkertaiset toistot ja homopolymeeriset jaksot sekvenssistä ennen tietokantahakua tai linjausta, jotta ne eivät antaisi vääriä positiivisia tuloksia ja häiritsisi hakua. Suodatusohjelmien (esim. SEG proteiineille ja DUST nukleiinihapoille) peittämät aminohapot esitetään usein rinnastuksissa X-kirjaimina ja emäkset N-kirjaimina


maximum likelihood
suurimman uskottavuuden menetelmä
Menetelmää käytetään mm. evolutiikassa etsittäessä fylogeneettistä puuta, joka parhaiten toteuttaa asetetun evoluutiomallin.


maximum parsimony
parsimoniamenetelmä, niukkuusmenetelmä
Sukulaissuhteiden selvitysmenetelmä, jonka tulostama fylogeneettinen puu vähimmin mahdollisin muutoksin selittää aineiston.


Mb
(Megabase, Megabyte)
katso Megabase ja Megabyte.


ME
(Minimum Evolution)
katso Minimum Evolution.


Megabase
(Mb)
Miljoona emästä. Nukleotidisekvenssin pituuden mittayksikkö.


Megabasepair
(Mbp)
megaemäs, megaemäspari
Miljoona emästä pitkä nukleiinihappojakso.


Megabyte
(MB)
megatavu
Tiedoston tai tietokonelevyn koon tai kapasiteetin mitta. Yksi megatavu sisältää 2 potenssiin 20 tavua eli noin miljoona tavua.


metabolome
metabolomi
Eliön tai solun aineenvaihdunnan kokonaisuus.


methylation
metylaatio
Metyyliryhmien (CH3) liittäminen molekyyliin. Metylaatio voi kohdistua esimerkiksi genomisen DNA:n tiettyihin nukleotideihin, mikä säätelee geenien transkriptiota.


Metropolis algorithm
Metropolis-algoritmi
Satunnaisuutta käyttävä optimointitehtävien ratkaisumenetelmä.


microsatellite
mikrosatelliitti
Genomissa runsaita yhdestä viiteen emäksen pituisia toistojaksoja, joiden lukumäärä vaihtelee yksilöittäin. Voidaan käyttää merkkijaksoina.


midnight zone
pimeä alue
Sekvenssejä vertailtaessa alue, jolla vertailun luotettavuutta ei voida arvioida.


Minimum Evolution
(ME)
minimievoluutio
Menetelmä, joka etsii lyhimmän etäisyysehdot täyttävän puukaavion.


minisatellite
minisatelliitti
Noin 10-100 emästä pitkiä toistojaksoja, joiden määrä vaihtelee yksilöittäin. Yleensä lähellä kromosomin päätä. Voidaan käyttää merkkijaksona.


minus-strand
miinus-juosteinen (-nauhainen, säikeinen)
RNA-virusten komplementaarinen DNA-juoste. Katso (-)-strand.


mismatch repair
yhteensopimattomuuden korjaaminen
DNA-synteesin aikana väärin pariutuneiden nukleotidien etsiminen ja korvaaminen.


missense mutation
Mutaatio, joka muuttaa kodonin nukleotidijärjestystä niin, että sen koodaama aminohappo muuttuu.


mitochondrio
mitokondrio
Aitotumallisten solujen soluelin, jossa soluhengitys tapahtuu. Mitokondriot sisältävät rengasmaisia DNA-molekyylejä, ns. mitokondriogenomin.


molecular clock
molekyylikello
Hypoteesi, jonka mukaan molekyylien evoluutio on ajan suhteen vakio eli molekyylien eroista voidaan suoraan laskea niiden erkanemisajankohta.


molecular dynamics
molekyylidynamiikka
Simulointimenetelmä, jossa molekyylien liikettä seurataan ajan funktiona. Yleensä laskennassa käytetään klassisen mekaniikan liikeyhtälöitä.


molecular mechanics
molekyylimekaniikka
Menetelmä molekyylien rakenteen ja dynamiikan laskemiseen. Yleisnimitys laskennallisille menetelmille, joissa tutkitaan molekyylin avaruusrakenteen muutoksien vaikutusta potentiaalienergiaan. Yleisimmin käytetty molekyylimekaaninen tehtävä on voimakenttään perustuva komiulotteisen rakenteen optimointi.


molecular modeling
molekyylimallitus
Molekyylin avaruusrakenteen tutkimus tai ennustus rakennemallien avulla. Tarkoittaa yleensä tietokoneavusteista molekyylien kolmiulotteisten mallien käsittelyä.


monocistronic mRNA
lähettiRNA, joka translaatiossa tuottaa vain yhden polypeptidiketjun.


monophyletic
monofyleettinen
Ominaisuus tai seikka, joka liittyy sellaiseen populaation sisäiseen periytymiseen, johon ulkopuoliset populaatiot eivät ole vaikuttaneet.


Monte Carlo method
Monte Carlo -menetelmä
Satunnaisuuteen perustuva numeerinen menetelmä.


mosaicism
mosaiikkisuus
Tila, jossa yksilöllä on vähintään kaksi erilaista solulinjaa t.s. yksilön kaikki solut eivät ole samaa genotyyppiä. Aiheutuu geneettisen informaation muuttumisesta tsygootin muodostumisen jälkeen. Voidaan saada aikaan myös keinotekoisesti yhdistämällä kahden saman eliölajin yksilön soluja.


most parsimonious tree
(MPT)
parsimonisin puu. Fylogeneettinen puu, joka selittää aineiston yksiköiden väliset erot vähimmin mahdollisin muutoksin.


motif
motiivi, aihe
Lyhyehkö jollekin piirteelle ominainen sekvenssijakso tai rakennekomponentti.


MPT
(most parsimonious tree)
katso most parsimonious tree.


mRNA
(messenger RNA)
lähetti-RNA
Geenin DNA-juosteelle komplementaarinen yksijuosteinen RNA-molekyyli, joka syntyy transkriptiossa. LähettiRNA ohjaa proteiinisynteesiä ja määrää polypeptidin aminohappojärjestyksen.


MultAlin
Usean sekvenssin rinnastusmenetelmä. http://www.toulouse.inra.fr/multalin.html


MultiDisp
Usean sekvenssin rinnastuksen visualisointiohjelma. http://protein.uta.fi:8080/cgi-bin/MultiDisp.cgi


multifactorial disease
monitekijäinen sairaus
Tila, jonka syntyyn vaikuttaa vähintään kaksi geeniä ja ympäristö. Käytetään myös termiä polygenic disorders. Katso multigenic disorder or disease ja complex disease sekä polygenic disorders.


multigenic disorder or disease
monigeeninen häiriötila tai sairaus
Tila, jonka syntyyn vaikuttaa vähintään kaksi geeniä ja ympäristö. Käytetään myös termiä polygenic disorders. Katso multifactorial ja complex disease sekä polygenic disorders.


multiple sequence alignment
(MSA)
monen sekvenssin rinnastus
Sekvenssiaineiston esittäminen niin, että samankaltaiset kohdat on aseteltu päällekkäin.


multiplexing
limitys
Usean yhdistetyn näytteen yhtäaikainen sekvensointi. Myös atk-termi.


multipoint linkage analysis
monipistekytkentäanalyysi
Kytkentäanalyysi, jossa uuden lokuksen sijaintia kytkentäryhmässä (kromosomissa) tutkitaan usean sellaisen lokuksen avulla, joiden suhteelliset etäisyydet toisiinsa tiedetään.


mutagenesis
mutageneesi
Mutaation aiheuttaminen DNA:han esimerkiksi säteilyttämällä, kemikaalilla tai transposonilla.


mutation
mutaatio, muuntuma
Useimmiten rajoitettu tarkoittamaan organismin DNA:n emäsjärjestyksen muuttumista ilman rekombinaatiota.

N



NCBI
(National Center for Biotechnology Information)
Yhdysvaltalainen keskus, jolla on mm. avoin palvelin biotieteellisen aineiston etsimiseen, varastointiin ja analysointiin. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/


NDB
(Nucleic Acid Database)
Nukleiinihapporakenteita sisältävä tietokanta. http://ndbserver.rutgers.edu/


Needleman-Wunsch algorithm
Needlemanin ja Wunschin algoritmi
Dynaamiseen ohjelmointiin perustuva sekvenssivertailualgoritmi kahden sekvenssin rinnastukseen. Algoritmi etsii kahden sekvenssin välisen parhaan mahdollisen kokonaisrinnastuksen.


neighbor-joining algorithm
neighbor joining -algoritmi, NJ-algoritmi
Evolutiikassa: puukaavioiden luomisessa käytettävä heuristinen menetelmä.


neural network (artificial neural network)
neuroverkko, hermoverkko
Algoritmi, jonka toiminta jäljittelee tietojenkäsittelyä biologisissa hermoverkoissa. Neuroverkkoalgoritmien tarkka määritelmä vaihtelee eri yhteyksissä. Yleisiä tunnusmerkkejä ovat mm. 1. Tieto syötetään neuroverkkoon oppimisprosessin avulla, 2. verkko sisältää useita toisiinsa kytkeytyneitä yksikköjä, joiden välisiin vuorovaikutussuhteisiin tieto varastoituu.


non-coding strand
koodaamaton juoste
Geenille komplementaarinen DNA-juoste.


nonparametric analysis
ei-parametrinen analyysi
Tilastotieteessä: ei oleteta mitään aineistoa kuvaavien jakaumien muodosta.


nonsense mutation
DNA:n emäsjärjestyksen muutos, jonka seurauksena proteiinisynteesi pysähtyy. Stop-kodonin tuottava mutaatio.


nonsynonymous substitution
ei-synonyyminen substituutio
Aminohapon korvaus täysin toisentyyppisellä aminohapolla.


NP-hard
(Nondeterministic polynomial complete/hard)
NP-täydellinen tai -vaikea
Laskentaongelman ominaisuus. NP-täydellisille ongelmille tunnetaan vain hyvin hitaita ratkaisualgoritmeja, joiden aikavaatimus kasvaa eksponentiaalisesti algoritmin syöttötietojen määrän mukana (ns. kombinatorinen räjähdys). Tämän takia NP-täydellisten ongelmien ratkaisuun käytetään usein (epätarkkoja) heuristisia menetelmiä.


nuclear localization signal
tumaanohjaussignaali
Aitotumallisissa tumaan kuljetettavien proteiinien signaalina toimiva peptidisekvenssi.


nucleic acid
nukleiinihappo
DNA ja RNA ovat nukleotideista rakentuvia nukleiinihappoja.


nucleoside
nukleosidi
Nukleiinihapon ja nukleotidin osa. Puriini- tai pyrimidiiniemäs + pentoosisokeri.


nucleosome
nukleosomi
Kromatiinin kromosomiksijärjestymisen perusyksikkö. Koostuu n. 200 emäsparista ja histoniproteiiniytimestä.


nucleotide
nukleotidi
Nukleosidi + fosfaatti. Nukleiinihapon rakenneyksikkö.


nucleotide-binding domain
nukleotidin sitova domeeni proteiinissa.

O



oligonucleotide
oligonukleotidi
Korkeintaan muutamia kymmeniä emäksiä sisältävä DNA-sekvenssi.


OMIM
(Online Mendelian Inheritance in Man)
Geneettisten sairauksien tietokanta. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Omim/


oncogene
onkogeeni, syöpägeeni
Mutatoitunut ja/tai yli-ilmennetty normaaligeenin versio eläinsolussa tai syöpää aiheuttavassa viruksessa. Sekoittaa solun normaalit kasvutoiminnot ja joko yksin tai yhdessä muiden muutosten kanssa saa aikaan pahanlaatuisen kasvaimen kehittymisen.


open reading frame
(ORF)
avoin lukukehys
Mahdollisesti proteiiniksi käännettävä DNA-sekvenssi, joka alkaa aloituskodonilla ja päättyy lopetuskodoniin. Katso: lukukehys, reading frame


operational taxonomic unit
(OTU)
taksoni


operator
operaattori
DNA-alue, johon sitoutumalla estäjäproteiini estää transkription aloittamisen lähellä sijaitsevasta promoottorista.


operon
operoni
Bakteerien geenitoiminnan yksikkö, johon kuuluu promoottori, operaattori, sekä yksi tai useampia rakennegeenejä.


ORF
(open reading frame)
katso open reading frame.


orthology
ortologia, ortologisuus
Lajiutumisen seurauksena syntynyt samankaltaisuus.


OTU
(operational taxonomic unit)
taksoni


outgroup
ulkoryhmä
Taksoni, jonka ei katsota kuuluvan fylogeneettisesti samaan ryhmään muiden vertailtavien taksoneiden kanssa.


overlapping genes
päällekkäiset geenit
Erillisiä geenejä, joiden ilmennettävät alueet ovat osittain päällekkäiset ja joita luetaan eri lukukehyksessä.

P



palindrome
palindromi, käänteinen toistojakso
DNA-jakso, joka on sama luettuna kaksoiskierteen kummastakin juosteesta. Esimerkiksi esitumallisissa lähellä transkription lopetuskohtaa sekä useimpien restriktioentsyymien tunnistussekvensseissä.


PAM
(Point Accepted Mutation).
Sarja pisteytysmatriiseja, joilla määritetään aminohappoja vertailtaessa, miten aminohapot vastaavat toisiaan eli mikä on niiden samankaltaisuuden aste.


paralogy
paralogia, paralogi
Samankaltaisuus, joka johtuu geenin kahdentumisesta eli samankaltaisilla proteiineilla on samassa eliössä eri tehtävä.


parametric analysis
parametrinen analyysi
Tilastollinen menetelmä, joka tekee oletuksia populaation jakaumasta tarkastellun ominaisuuden suhteen.


parsimony
katso maximum parsimony.


PAUP
(Phylogenetic Analysis Using Parsimony)
Fylogenetiikkaohjelmisto, jonka avulla voidaan analysoida sekvenssien ja taksonien sukulaisuussuhteita useilla eri menetelmillä. http://paup.csit.fsu.edu/


PCR
(polymerase chain reaction)
katso polymerase chain reaction.


PDB
(Protein DataBank.)
Makromolekyylien kolmiulotteisten rakenteiden tietokanta. http://www.rcsb.org


PDBSum
PDB-tietokannasta johdettu tietokanta, jonka tietueet sisältävät rakenteen lisäksi yhteenvedon rakenteesta sekä luokitteluja ja analyysituloksia. http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/pdbsum/index.html


penetrance
ilmenevyys, läpäisevyys
Ehdollinen todennäköisyys ilmiasulle kun genotyyppi on annettu. Esim. merkintä P(sairas | aa) = 0.8 tarkoittaa, että todennäköisyys sairastua on 80 prosenttia, jos kantaa genotyyppiä aa. Penetranssitodennäkköisyydet voivat olla erilaisia mm. iän tai sukupuolen suhteen.


peptide
peptidi
Lyhyt aminohappoketju, pieni proteiini tai proteiinin pilkottu osa.


peptide bond
peptidisidos
Kovalenttinen sidos, jolla aminohapon pääketjun karboksyyliryhmä liittyy toisen aminohapon aminoryhmään.


Pfam
proteiiniperhetietokanta. Proteiinit on jaoteltu sekvenssin mukaisesti perheisiin. Kullekin perheelle tietokanta sisältää joukon hyvin rinnastettuja sekvenssejä, joiden perusteella luodulla HMM-mallilla muita sekvenssejä voidaan verrata ja luokitella. http://www.sanger.ac.uk/Software/Pfam/


phage display
Faagikirjasto, jossa liitännäiset jaksot ilmenevät osana faagin kuoriproteiinin pintarakennetta. Käytetään esimerkiksi vasta-aine-epitooppien tunnistuksessa.


PHD
Sekvenssiin perustuva proteiinirakenteen ennustusohjelmisto, joka ennustaa annetun sekvenssin sekundäärirakenteen, pintarakenteen sekä solukalvon läpäisevien sekvenssien sijainnin.


phenotype
ilmiasu
Yksilön ominaisuuksien kokonaisuus, joka syntyy genotyypin ja ympäristön vuorovaikutuksesta.


phyla
pääjakso
Lajien luokittelun perusryhmä, jonka jäsenet ovat keskenään samankaltaisia ja oletettavasti sukulaisia.


Phylip
Fylogenetiikkaohjelmisto, jonka avulla voidaan analysoida sekvenssien ja taksonien sukulaisuussuhteita useilla eri menetelmillä. http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html


phylogeny
fylogenia
Taksonin tai muun ryhmän kehityshistoria.


phylogram
fylogrammi
Taksonin kehityshistoriaa kuvaava kaavio.


PIR
(Protein Identification Resource)
Sekvenssitietokannoista johdettu tietokanta, joka on tarkoitettu proteiinisekvenssien ja niitä vastaavien nukleiinihapposekvenssien tunnistamiseen ja analysointiin. http://www-nbrf.georgetown.edu/pir/


pleated sheet
aaltoileva tai poimuinen levy
beta-tason tyypillinen rakenne, jossa proteiinin pääketjun muoto aaltoilee. Yksittäisen beta-nauhan perättäiset alfa-hiilet sijaitsevat vuorotellen beta-tason keskikohdan eri puolilla ja muodostavat beta-tasolle tyypillisen aaltoilevan hienorakenteen.


point mutation
pistemutaatio
Yhden nukleotidin muutos DNA-sekvenssissä. Käytetään yleisesti myös yhden aminohapon muutoksista.


polygenic (character)
polygeeninen ominaisuus
Polygeeniseen ominaisuuteen vaikuttaa useita eri geenejä, joiden yksittäiset vaikutukset ovat usein pieniä. Katso complex, multigenic ja multifactorial disease.


polymerase chain reaction
(PCR)
polymeraasiketjureaktio
Tehokas tapa monistaa DNA:ta in vitro. Perustuu lämpövaihteluita kestävään DNA-polymeraasiin.


polymorphism
monimuotoisuus, vaihtelu, polymorfismi, polymorfia
Populaatiossa on kaksi tai useampia ilmiasuja (saman geenin suhteen), joita ei voi selittää pelkästään mutaatioilla.


post-transcriptional modification
transkription jälkeinen muokkaaminen
Transkriptiossa syntyneen RNA:n rakenteeseen ennen translaatiota tehtävät muutokset. Esimerkiksi intronialueiden poisto, silmukointi (pujonta).


post-translational modification
translaation jälkeinen muokkaaminen
Translaatiossa tuotettuun aminohappoketjuun tehtävät muutokset, esim. signaalisekvenssien poistaminen tai metyyli-, fosfaatti- ja sokeriryhmien liittäminen kovalenttisesti proteiiniin.


precursor
edeltäjä, prekursori
Aine tai seikka, joka edeltää seuraavaa vaihetta tai seikkaa. Käytetään esim. proteiinista, johon ei ole tehty aktiivisuuden synnyttämiseen tarvittavia muutoksia. Nukleiinihappojen yhteydessä: fosforyloitu nukleiinihappo, joista nukleiinihappoketju syntetisoidaan.


Pribnow box
Pribnow-sekvenssi
DNA-sekvenssijakso (TATAAT), joka ilmaisee bakteerien DNA:ssa RNA-synteesin aloituskohdan. Sijaitsee 5'-päässä, 10 emästä ennen synteesin aloituskohtaa. Voi esiintyä muuntuneena.


primary structure
primäärirakenne, sekvenssi
Proteiineissa: peptidisidosten yhdistämien aminohappojen järjestys proteiinissa tai peptidissä.


primer
aluke
Lyhyt polynukleotidiketju, jota käytetään käynnistämään DNA:n kahdentuminen.


proband
Sukupuun tai perheen yksilö, jonka perusteella suku ja/tai perhe on valittu tutkimukseen.


probe
koetin
Molekyylibiologiassa: kemiallisesti leimattu molekyyli, esim. DNA- tai RNA-jakso, jota käytetään hybridisaatiossa tietyn sekvenssin etsimiseen. Bioinformatiikassa: sekvenssi, jolla tietokantahaku tehdään. Koettoimella viitatan yleebsä tunnettuun sekvenssiin tai molekyyliin, jolla haku tehdään. Vrt. kohde (target)


ProDom
Tietokanta, joka sisältää automaattisesti luokiteltuja proteiinidomeeniryhmiä. http://www.toulouse.inra.fr/prodom.html


profile alignment
profiilirinnastus
Sekvenssirinnastus, jossa pisteytysmatriisin sijasta tai lisäksi käytetään paikkakohtaista pisteytysmatriisia eli profiilia. Yleensä profiili tehdään tunnetun monen sekvenssin rinnastuksen perusteella. Profiilirinnastuksessa voidaan pisteytysmatriisiin perustuvaa rinnastusta paremmin ottaa huomioon tietylle sekvenssiperheelle tyypilliset piirteet.


prokaryote (procaryote)
esitumallinen
Bakteerit ja syanobakteerit, joiden genomi (DNA-kromosomi) ei ole erillisen tumakalvon suojassa. Esitumallisissa soluissa on hyvin vähän soluelimiä.


promoter
promoottori
DNA-sekvenssin kohta, johon RNA-polymeraasi sitoutuu ennen transkription aloitusta. Esimerkiksi Pribnow- ja TATA-sekvenssit.


proofreading (editing)
oikoluku, tarkistus
Yleisnimitys DNA- ja proteiinisynteesissä vaikuttaville biokemiallisille reaktioille, joilla synteesissä tapahtuneita virheitä poistetaan.


Prosite
Tietokanta, joka koostuu biologisesti merkittävistä sekvenssijaksoista ja -perheistä sekä niihin liittyvistä sekvenssimotiiveista ja -profiileista. http://www.expasy.ch/prosite/


proteome
proteomi
Eliön tai solun tuottamien proteiinien kokonaisuus.


pseudogene
pseudogeeni, valegeeni
Ilmentymätön DNA-jakso, jonka emäsjärjestys muistuttaa jonkin geenin emäsjärjestystä.


PSI-Blast
(Positio Spesific Iterative BLAST)
BLAST-ohjelman versio, joka tekee BLAST-haun perusteella löytyneistä sekvensseistä sekvenssiprofiilin, jonka avulla ohjelma suorittaa uuden, tarkemman haun. Tulosten perusteella tehdään uusi sekvenssiprofiili ja haku niin kauan, kunnes merkittävästi samankaltaisia sekvenssejä ei enää löydy.


PubMed
NCBI:n ylläpitämä bio- ja lääketieteen kirjallisuustietokanta. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi


puckering
taipuminen, rypistyminen
Molekyylirakenteen taipuminen pois tasomaisesta rakenteesta.


purine
puriini
Typpeä sisältävä kaksoisrengasrakenteinen orgaaninen yhdiste. Toinen nukleiinihappojen emäsryhmistä. Puriinin sisältäviä nukleotideja ovat adeniini ja guaniini.


pyrimidine
pyrimidiini
Typpeä ja aromaattisen rengasrakenteen sisältävä orgaaninen yhdiste. Toinen nukleiinihappojen emäsryhmistä. Pyrimidiinin sisältäviä nukleotideja ovat sytosiini, tymiini sekä urasiili.

Q



quartet-puzzling
Heuristinen menetelmä, jonka avulla suurimman uskottavuuden menetelmää voidaan soveltaa suurillekin aineistoille. Menetelmässä aineistosta määritetään suurinta uskottavuutta vastaavat puut kaikille mahdollisille neljän taksonin ryhmille, joista parhaat yhdistetään.


quaternary structure
kvaternäärirakenne
Useammasta eri aminohappoketjusta koostuvan proteiinikompleksin kokonaisrakenne. Proteiinikompleksin alayksikköjen sijoittuminen toistensa suhteen.


query
hakusekvenssi
Sekvenssi, jolla tietokantahaku tehdään.

R



RACE
(rapid amplification of cDNA ends)
katso rapid amplification of cDNA ends.


Ramachandran plot
Ramachandran-kuvaaja, kiertokulmakartta, phi-psi-kuvaaja
Proteiinin aminohapot on esitetty kuvaajana, jossa x-akselilla on pääketjun phi-kulma ja y-akselilla vastaava psi-kulma. Kuvaajan avulla voidaan tarkastella proteiinin stereokemiaa ja sekundäärirakenteiden esiintymistä.


random coil
satunnaislaskostuma, satunnaisrakenne
Proteiinirakenteen alueet, joissa ei ole selvää sekundäärirakennetta. Käytetään myös laskostumattomasta tai denaturoidusta proteiini- tai nukleiinihapporakenteesta.


rapid amplification of cDNA ends
(RACE)
Tekniikka, jolla cDNA:n 5'- tai 3'-pää saadaan PCR-monistettua, kun osa päiden välisestä sekvenssistä on selvillä.


rare-cutter
Restriktioentsyymi, jonka tunnistuskohtia on harvassa.


reading frame
lukukehys
Kodonien rajakohtien ja lukusuunnan määrittely DNA-sekvenssissä. Koska DNA-sekvenssi voidaan jakaa kolmen emäksen mittaiseksi kodonisarjaksi kolmella tavalla kahteen eri suuntaan, on jokaisella DNA-sekvenssillä 6 mahdollista lukukehystä, joista yksi on translaatiossa käytetty lukukehys.


recombination
rekombinaatio, uudelleenyhdistely
Tapahtuma, jossa perintötekijöiltään erilaiset (yhden tai useamman geenin suhteen) solut tai yksilöt tuottavat vanhempiin nähden uudentyyppisen jälkeläisen.


regulatory element
säätelyosa
Geenin ilmentymistä säätelevä (vähentävä tai voimistava) DNA-sekvenssin osa.


repeat
toistojakso
Sekvenssissä esiintyvä toistuva jakso.


replication
replikaatio, kopioituminen
Biologiassa: solun jakautumista edeltävä perimäaineksen (DNA:n) kahdentuminen.


replicon
replikoni, replikaatioyksikkö
Perimän osa, joka pystyy kopioitumaan itsenäisesti. Nukleiinihappoketjun osa, joka kopioituu saman replikaation aloituskohdan ohjaamana. Esitumallisilla on kormosomissa yksi replikoni, aitotumallisilla useampia.


residue
tähde
Polymerointireaktion jälkeen polymeeriin jäänyt monomeerin osa. (Nukleiinihappo- tai) aminohappoketjun perusrakenneosa.


restriction endonuclease
restriktioentsyymi, restriktioendonukleaasi
Bakterofageja bakteereissa pilkkovia entsyymejä. Restriktioentsyymit tunnistavat tietyn, yleensä palindromisen, DNA-sekvenssikohdan ja katkaisevat kaksijuosteisen DNA:n tästä kohdasta. Käytetään yleisesti molekyylibiologisissa tekniikoissa.


restriction map
restriktiokartta
Kaavio, joka osoittaa restriktioentsyymien tunnistuskohtien sijainnin DNA:ssa.


reverse open reading frame
(RORF)
käänteinen avoin lukukehys.


reverse transcriptase
käänteiskopioija tai -transkriptaasi
Retrovirusten DNA-polymeraasientsyymi, joka pystyy tuottamaan DNA-sekvenssin RNA-sekvenssin perusteella. Käytetään yleisesti molekyylibiologisissa tekniikoissa.


rise
nousu
Esim. DNA:n tai proteiinin alfa-kierteen nousu. Ilmoitetaan yleensä muodossa: monomeeriä kierrosta kohden.


RNAMOT
Tietokoneohjelma RNA:n primääri- ja sekundäärirakenteiden analyysiin sekä RNA-motiivien etsimiseen. ftp://merck.bch.umontreal.ca/pub/Rnamot/


RORF
(reverse open reading frame)
katso reverse open reading frame.


rRNA (ribosomal RNA)
ribosomaalinen RNA
Ribosomien rakenneosa. Suurin osa solun RNA:sta on erikokoisia ribosomaalisia RNA-molekyylejä.


RT-PCR
(reverse transcriptase polymerase chain reaction)
käänteistranskriptaasi polymeraasiketjureaktio
Käänteiskopioijaentsyymiä käyttävä PCR.

S



salt bridge
suolasilta
Proteiinirakenteen sisäinen ionisidoksen kaltainen vuorovaikutus positiivisesti ja negatiivisesti varautuneen aminohapon välillä.


Sanger Institute
The Wellcome Trust Sanger Institute
Englantilainen genomitutkimuskeskus. http://www.sanger.ac.uk/


SAR
(structure-activity relationship)
katso structure-activity relationship.


satellite DNA
satelliitti-DNA
DNA-sekvenssin kohta, joka poikkeaa huomattavasti ympäristöstään yleensä tiheästi toistuvan sekvenssijakson johdosta ja jonka tehtävää ei tunneta.


SCOP
(Structural Classification of Proteins)
Tietokanta, jossa PDB:stä löytyvät proteiinirakenteet on ryhmitetty hierarkiseksi kokonaisuudeksi. http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/


scoring matrix
pisteytysmatriisi
Taulukko, jolla paikasta riippumattomissa sekvenssirinnastusmenetelmissä määritetään eri nukleotidi- tai aminohappoyhdistelmien vaikutus rinnastuksen laatua tai todennäköisyyttä kuvaavaan pisteytykseen. Katso PAM ja BLOSUM.


secondary structure
sekundäärirakenne
Proteiinissa paikallisesti esiintyvät säännölliset kolmiulotteiset rakenteet. Yleisimmät sekundäärirakenteet ovat alfa-kierre ja beta-säie.


self-splicing
Itsesilmukointi
Silmukoiminen itsenäisesti ilman ulkopuolisten molekyylien apua.


sense-strand
kaksinauhaisen DNA:n koodaava juoste. Tässä juosteessa nukleotidijärjestys on sama kuin lähettiRNA:ssa.


SeqLab
GCG-ohjelmistopaketin X-yhteyden kautta käytettävä käyttöliittymä.


sequence
sekvenssi
Nukleotidi- tai aminohappojärjestys nukleiinihapoissa tai proteiineissa.


sequence-tagged site
(STS)
sekvenssimerkitty alue
Muutaman sadan emäsparin pituinen DNA-sekvenssijakso, joka esiintyy genomissa vain yhdessä tunnetussa kohdassa ja on tunnistettavissa PCR-tekniikalla. Sekvenssitunnusalueita käytetään tunnistettaessa ja yhdisteltäessä eri lähteistä saatua sekvenssiaineistoa.


sequencing
sekvensointi
Nukleotidi- tai aminohappoketjun sekvenssin kokeellinen määrittäminen.


SeqWeb
GCG-ohjelmistopaketin verkkoselaimen kautta käytettävä käyttöliittymä. Esim. CSC:n SeqWeb rekisteröidyille käyttäjille: https://seqweb.csc.fi/gcg-bin/seqweb.cgi


sex chromosome
sukupuolikromosomi
Kromosomi, jonka läsnäolo, periytyminen tai tietty muoto määrää yksilön sukupuolen.


Shine-Dalgarno sequence
Shine-Dalgarno -sekvenssi
Bakteeri-lähettiRNA:ssa yleinen sekvenssijakso, jonka perusmuoto on 5'-AGGAGG-3'. Se tai samankaltainen sekvenssi esiintyy yleensä noin 7 emästä ennen aloituskodonia.


short interspersed repeat element
(SINE)
Lyhyt genominen toistojakso.


short tandem repeat
(STR)
lyhyt peräkkäinen toistojakso.


shotgun sequencing
satunnaissekvensointi (haulikkosekvensointi)
Menetelmä, jossa genomi pilkotaan satunnaisen pituisiksi paloiksi, joiden (kaikkien tai osan) emäsjärjestys määritetään.


signal sequence
signaalisekvenssi
Proteiinisekvenssin N-päässä oleva osa, joka avustaa solusta erittyvien proteiinien tai solukalvoproteiinien kulkeutumista solukalvolle ja/tai sen läpi. Yleensä signaalisekvenssi poistetaan synteesin tai siirtymisen jälkeen. Soluorganelleissa signaalisekvenssit saattavat sijaita ketjun keskellä, eikä niitä välttämättä poisteta proteolyyttisesti.


silent mutation
hiljainen mutaatio, peittyvä mutaatio
DNA-muutos, joka ei näy geenin koodaaman proteiinin sekvenssissä.


Simwalk
Ohjelma sekä parametriseen että ei-parametriseen kytkentäanalyysiin. Toisin kuin Genehunteria, ohjelmaa voi käyttää myös suurille sukupuille.


SINE
(short interspersed repeat element)
katso short interspersed repeat element.


single-gene disorder
Tauti tai tila, jonka aiheuttaa yksi geeni.


Single Nucleotide Polymorphism
(SNP)
yhden emäksen monimuotoisuus
Lajin sisäinen nukleotidisekvenssin tietyssä kohdassa esiintyvä vaihtelu.


single-strand conformational polymorphism
(SSCP)
Pistemutaatioiden havainnointitekniikka. Tietty sekvenssialue PCR-monistetaan ja ajetaan geelissä. Mutaatio voi muuttaa rakennetta, mikä muuttaa molekyylin liikkuvuutta geelissä.


site-directed mutagenesis
kohdennettu mutageneesi
Yleisnimitys laboratoriomenetelmille, joilla DNA-sekvenssiin tehdään haluttuun kohtaan yksittäisen tai useamman emäksen muutos.


site-specific mutagenesis
katso site-directed mutagenesis.


sliding window
liukuva ikkuna
Sekvenssianalyysissä: tarkastelualue. Sekvenssiä käydään läpi ikkunan pituisissa palasissa niin, että ensimmäinen ikkuna alkaa ensimmäisestä sekvenssikohdasta ja analyysin edetessä ikkunaa liu'utetaan kohta kerrallaan eteenpäin sekvenssissä.


Smith-Waterman algorithm
Smithin ja Watermanin algoritmi
Dynaamiseen ohjelmointiin perustuva sekvenssien rinnastusmenetelmä. Algoritmi etsii kahden sekvenssin väliset parhaat mahdolliset paikalliset rinnastukset.


SNP
(single nucleotide polymorphism)
katso single nucleotide polymorphism


Solar
Kytkentäanalyysiohjelma, joka on suunniteltu määrällisiin ominaisuuksiin vaikuttavien geenien paikallistamiseen.


SOM
(Self Organizing Map)
Itseorganisoituva kartta
Yksi hermoverkkomenetelmien sovellus.


somatic cell
somaattinen solu
Mikä tahansa eliön solu, joka ei kuulu iturataan.


spliceosome
spliseosomi
Proteiini/RNA-kompleksi, joka osallistuu intronien poistoon RNA:sta.


splice site
silmukoitumiskohta (leikkauskohta)
RNA-sekvenssin kohta, jonka perusteella intronit tunnistetaan ja poistetaan lopullisesta lähettiRNA-sekvenssistä.


splicing
silmukoituminen (pujonta, liittäminen)
Prosessi, jossa DNA:n perusteella syntetisoidusta RNA:sta poistetaan intronialueet ja yhdistetään eksonialueet.


sporadic case
satunnainen tapaus
Ominaisuutta, yleensä sairautta, ilmentävä yksilö, jolla ei ole kyseistä ominaisuutta ilmentäviä esi-isiä.


SRS
(Sequence Retrieval System)
WWW-ympäristössä toimiva sekvenssihakutyökalu. Esimerkiksi: http://srs.csc.fi:8002


SSCP
(single-strand conformational polymorphism)
katso single-strand conformational polymorphism.


ssDNA
(single-stranded DNA)
yksijuosteinen (-nauhainen) DNA


ssRNA
(single-stranded RNA)
yksijuosteinen (-nauhainen) RNA


Staden
Molekyylibiologisen aineiston analyysityökalupaketti. Erityisen sovelias automaattisekvensaattoriaineiston käsittelyyn.


sticky ended
Restriktioendonukleaasien katkaisema DNA-kaksoisjuoste, jonka päässä on katkaisukohdan epäsymmetrisyydestä johtuen lyhyt yksijuosteinen kohta. Tämä kohta voi liittyä toiseen DNA-molekyyliin, jossa on ensimmäiseen molekyyliin nähden vastinpareista koostuva yksijuosteinen osuus. Katso flush ended.


stochastic
stokastinen, satunnainen


STR
(short tandem repeat)
katso short tandem repeat.


stringency
ankaruus, vaativuus
Molekyylibiologiassa kuvaa usein sekvenssikoettimen sitoutumisolosuhteita tai sekvenssianalyyseissä vaadittavien pisteiden määrää esim. tarkasteluikkunassa.


structure-activity relationship
(SAR)
rakenne-aktiivisuus-vuorovaikutus
SAR-menetelmissä käytetään tilastollisia menetelmiä rakenteellisten tekijöiden sekä ligandin tai proteiinin aktiivisuuden vastaavuuden arviointiin.


STS
(sequene-tagged site)
katso sequence-tagged site.


subsequence
alisekvenssi, osasekvenssi
Sekvenssi, joka on osa pidempää sekvenssiä. Esimerkiksi EST-sekvenssit tai proteiinidomeenisekvenssit.


substitution matrix
pisteytysmatriisi
Taulukko, jolla paikasta riippumattomissa sekvenssirinnastusmenetelmissä määritetään eri nukleiini- tai aminohappoyhdistelmien vaikutus rinnastuksen laatua tai todennäköisyyttä kuvaavaan pisteytykseen. Katso scoring matrix.


sum of pairs score
parisummapisteytys
Monen sekvenssin rinnastuksessa käytettävä pisteytysmenetelmä, jossa sarakkeen pistemäärä lasketaan kaikkien sarakkeessa olevien emäs/aminohappoparien parittaisten vertailujen pisteytysten summana. Esim. kolmen sekvenssin, A B C, tapauksessa parisummapisteytys on (A+B)+(A+C)+(C+B).


supercoiling
superkierteisyys
DNA-kaksoiskierteen kiertyminen itsensä tai nukleosomin ympäri.


superfamily
superperhe
Proteiiniryhmä, jolla on yhteisiä piirteitä, esim. immunoglobuliinit.


supersecondary structure
supersekundäärirakenne
Säännöllinen, useammasta sekundäärirakenneyksiköstä koostuva rakenne.


SWISS-PROT
Proteiinisekvenssitietokanta, jossa on pyritty hyvin jäsenneltyyn proteiinisekvenssien ja niihin liittyvän tiedon kuvailuun. Sekvenssin lisäksi SWISS-PROT-tietueet sisältävät tietoa mm. proteiinin toiminnasta, alayksiköistä sekä vastaavista mutatoiduista proteiineista. http://www.expasy.ch/sprot/

T



target
kohde
Etsinnän kohteena oleva tuntematon sekvenssi tai molekyyli. Vrt. koetin (probe)


TATA-box
TATA-sekvenssi
Useista geeneistä löytyvä transkription aloituskohdan tunnistukseen liittyvä sekvenssikohta. TATA-jakson konsensussekvenssi on 5'- TATAAAA-3' ja se sijaitsee noin 25 nukleotidia ennen transkription aloituskohtaa.


taxon
taksoni
Mikä tahansa eliöluokittelun ryhmä.


TCP/IP
(Transport Control Protocol/Internet Protocol)
Yksi Internetin käyttämistä tiedonsiirtokäytännöistä.


telomere
telomeeri
Kromosomin pää.


template
malli, templaatti
Rakenne, joka ohjaa toisen rakenteen syntyä. Esimerkiksi nukleotidisekvenssi, joka ohjaa vastinnukleotideista muodostuvan nukleotidisekvenssin synteesiä. Molekyylimallituksessa: tunnettu rakenne, jonka pohjalta toinen rakenne mallitetaan.


termination factor
lopetustekijä
Proteiini, joka vaikuttaa transkription päätekohdan tunnistamiseen RNA-synteesissä.


terminator codon
lopetuskodoni
Emäskolmikko, joka toimii RNA-ketjussa proteiinisynteesin lopetuskohdan merkkinä. Lopetuskodoneita ovat UAA, UAG, UGA.


tertiary structure
tertiäärirakenne
Makromolekyyliin, esimerkiksi proteiinin, kolmiulotteinen laskostunut rakenne.


TIGR
The Institute for Genomic Research. Ei-kaupallinen genomeihin ja geenituotteisiin keskittynyt tutkimuslaitos. http://www.tigr.org/


topoisomerase
topoisomeraasi
Entsyymi, joka muuttaa DNA:n kolmiulotteista muotoa vaikuttamalla superkierteisyyteen (supercoiling) katkaisemalla DNA:n toisen tai molemmat juosteet.


topology
topologia
Muoto, muoto-oppi.


trait
Perinnöllisyystieteessä: mikä tahansa geneettisesti määräytyvä ominaisuus.


transcription
transkriptio
DNA:n kopioiminen proteiinisynteesin mallina toimivaksi lähetti-RNA:ksi. Katso splicing, cap.


transcriptome
transkriptomi
Solun tai eliön lähettiRNA-molekyylien kokonaisuus.


transgenic
siirtogeeninen, transgeeninen
Eliö, jonka perimään on siirretty toisen samaan tai eri lajiin kuuluvan yksilön perimää.


transition
transitio, siirtymä, muutos, virittyminen
DNA:n yhteydessä: mutaatio, jossa puriiniryhmän sisältävä nukleotidi korvautuu toisella puriiniryhmän sisältävällä nukleotidilla, tai vastaavasti pyrimidiiniryhmän sisältävä nukleotidi korvautuu toisella pyrimidiiniryhmän sisältävällä nukleotidilla. Katso transversio.


translation
translaatio, proteiinisynteesi
Transkription jälkeinen tapahtuma, jossa lähettiRNA:n emäsjärjestys käännetään proteiinin aminohappojärjestykseksi.


transposon
transposoni
Pieni kopioitumis- ja liikkumiskykyinen DNA-molekyyli, joka liittyy satunnaiseen kohtaan genomissa.


transversion
transversio
Pistemutaatio, jossa puriiniryhmä korvautuu pyrimidiiniryhmällä tai päinvastoin. Katso transitio.


trinucleotide repeat
kolmen nukleotidin toisto
DNA-sekvenssin toistoalue, joka saattaa kuulua myös koodaavaan alueeseen.


triple helix
kolmoiskierre
Esiintyy mm. kollageenirakenteissa. Myös DNA:n harvinainen muoto.


triplet,
kodoni, kolmikko
DNA:n nukleotidikolmikko, joka vastaa RNA:n kodonia.


trisomy
trisomia
Perinnöllinen häiriö, jossa yksilöllä on ylimääräinen kromosomi.


tRNA
(transfer RNA)
siirtäjä-RNA
Pieni RNA-molekyyli, joka proteiinisynteesissä vastinkodoninsa ohjaamana tuo lähettiRNA:n osoittaman aminohapon ribosomilla tuotettavaan polypeptidiketjuun.


twilight zone
hämärän alue
Käytetään sekvenssivertailussa kuvaamaan sekvenssien samankaltaisuutta, kun niiden identtisyys on alle 25 prosenttia. Tämänasteinen samankaltaisuus voi olla sattumaa.

U



unassigned reading frame
(URF)
tehtävältään määrittämätön lukukehys.


unrooted tree
juureton puu
Puukaavio, jossa kaavion suunnalla ja osien keskinäisellä sijoittelulla ei ole merkitystä. Juureton puu kuvaa vain esittämänsä materiaalin välisiä suhteita.


untranslated region
(UTR)
transloitumaton alue
cDNA:n ne osat, jotka eivät ilmenny proteiiniksi.


UPGMA
(Unweighted Pair Group Method using arithmethic Averages). Yksinkertainen puukaavion muodostusalgoritmi. Menetelmää on käytetty mm. geneettisiin etäisyyksin perustuvassa fylogenetiikka-analyysissä.


upstream
aikaisempi tai edeltävä sekvenssikohta
DNA-sekvenssin suunnan määrityksen vastainen suunta, 3'- 5'.


URF
(unassigned reading frame)
katso unassigned reading frame.


UTR
(untranslated region)
katso untranslated region.

V



van der Waals interaction
van der Waals -vuorovaikutus
Atomien välinen vuorovaikutus, joka syntyy atomien toistensa varausjakaumaan aiheuttamista häiriöistä


van der Waals radius
van der Waals -säde
Etäisyys, jota lähempänä atomin ydintä van der Waals -vuorovaikutukset muuttuvat lähentyvän atomin suhteen hylkiviksi. Tarkoittaa käytännössä atomin sädettä.


variable number tandem repeat
(VNTR)
Polymorfista satellitti-DNA:ta. Koostuu vaihtelevasta määrästä DNA-toistojaksoja.


Viterbi-agorthm.
Viterbin alogritmi
Laskee todennäköisimmän polun kätketyn Markovin mallin läpi. Viterbin alogritmia käytetään kätkettyjen Markovin mallien yhteydessä parhaimman sekvenssirinnastuksen etsintään. Algoritmi muistuttaa sekä rakenteeltaan, että käytöltään paljolti dynaamisen optimoinnin (Needlemanin ja Wunschin algoritmi) käyttöä pisteytysmatriisimenetelmien yhteydessä.


VNTR
(variable number tandem repeat)
katso variable number tandem repeat.

W



W2H
GCG- ja EMBOSS-ohjelmistojen verkkoselainkäyttöliittymä. http://www.w2h.dkfz-heidelberg.de/


Watson-Crick base pairs
Watsonin ja Crickin emäsparit
Watsonin ja Crickin DNA-mallissaan esittämä DNA:n emästen pariutumisjärjestys: adeniini-tymiini, guaniini-sytosiini.


weight
painotus, paino
Bioinformatiikan algoritmeissä kerroin, jonka mukaan tiettyä tekijää painotetaan suhteessa muihin tekijöihin. Esimerkiksi profiilirinnastuksessa tiettyyn sekvenssikohtaan sidottu painoarvo.


wild type
villityyppi
Yleisin ilmiasu tai genotyyppi. Alunperin: luonnosta löydetty yleisin muoto.

X



X-linked disease
X-kromosomiin liittyvä sairaus
Perinnöllinen sairaus, jonka aiheuttava geeni sijaitsee X-kromosomissa. X-kromosomi on toinen ihmisen sukupuolikromosomeista: normaalikaryotyyppisillä naisilla niitä on kaksi, miehellä yksi.


XML
(Extensible Markup Language),
Yleinen standardiformaatti, jolla voidaan kuvata rakenteista aineistoa ja dokumentteja tekstimuodossa. XML on suuniteltu erityisesti helpottamaan rakeenteellisen aineiston siirtoa ja esittämistä WWW-järjestelmässä.


Xplor
Ohjelma, jota käytetään biologisten makromolekyylien rakenteen hienonnus- ja määrittelylaskuihin röntgenkristallografiassa ja NMR-spektroskopiassa.

Y



YAC
(yeast artificial chromosome)
katso yeast artificial chromosome.


yeast artificial chromosome
(YAC)
hiivan keinotekoinen kromosomi
Vektorijärjestelmä, jonka avulla voidaan kloonata pitkiäkin DNA-jaksoja hiivaan.

Z



Z-DNA
Z-DNA
DNA:n kolmas tunnettu rakennemuoto. Z-DNA:n kiertymissuunta on vastakkaissuuntainen (vasenkätinen kiertyminen) kuin A- ja B-DNA:lla (oikeakätinen kiertyminen). Toinen merkittävä ero A- ja B-DNA:han on juosteen fosfaattityhmien mutkitteleva siksak-rakenne (tästä nimitys Z-DNA).


zinc finger (metal-binding finger)
sinkkisormi
Joukko sekvenssimotiiveja, joille on yhteistä neljän histidiinin ja/tai kysteiinisivuketjun avulla tapahtuva sinkki-ionin sitominen. Sinkkisormet yleensä tunnistavat ja sitovat nukleiinihappoketjuja.


Z-score
Z-arvo
Yleinen sekvenssianalyysiohjelmien parametri, jota käytetään arvioitaessa tietokannasta löytyneen sekvenssin ja hakusekvenssin välistä suhdetta. Z-arvo kuvaa sitä todennäköisyyttä, jolla yhtä samankaltainen sekvenssi voidaan löytää sattumalta.


Z-value
katso Z-score.


zygote
tsygootti
Kahden sukusolun yhdistymisessä syntyvä solu; hedelmöitynyt munasolu.

Å



Ångström
Ångström (Å) = 0,1 nm. Molekyylirakenteiden yhteydessä yleisesti käytetty pituuden mittayksikkö.